喀尔喀蒙古和卫拉特的关系也是极差的，双方多次爆发冲突，从某种意义上说，喀尔喀蒙古对于卫拉特部的打击是很大的，其中最主要的威胁来自喀尔喀蒙古土谢图汗部的阿巴泰汗与和托辉部的硕垒乌巴什洪台吉。击败卫拉特后，阿巴泰汗“派遣自己的儿子速兀泰前去做卫拉特的汗”。在隆庆二十一年的时候，阿巴泰汗击败卫拉特，不过很快卫拉特人袭杀速兀泰，摆脱了土谢图汗部的控制。
卫拉特人虽然杀死了速兀泰，但仍然面临着来自喀尔喀的威胁。继阿巴泰汗之后控制卫拉特部的，是喀尔喀和托辉特部。和托辉特部隶属于喀尔喀札萨克图汗部，位于喀尔喀西部，紧邻卫拉特四部，他们对于卫拉特部的威胁是最大的。从朱载坖现在所掌握的情况来说，卫拉特部受到了来自外部的巨大威胁，俺答汗等东蒙古王公多次征伐卫拉特。在俺答汗之后，卫拉特又受到了来自喀尔喀的威胁，并在喀尔喀的军事打击下，被迫向喀尔喀纳贡输赋。对于卫拉特蒙古来说，现在的日子实在算不上好过。
不过从另外一个方面来看，即便是面对土默特和喀尔喀两个蒙古强部的进攻，卫拉特蒙古还是能够游刃有余的应对，足见卫拉特蒙古的战斗力还是非常之不错的，而和硕特部作为卫拉特蒙古中的首领部落，其实力肯也是非常之强劲的，这点是毋庸置疑的，李成梁能否率军击败和硕特部并且将和硕特部的逐出乌鲁木齐，朱载坖没有绝对的把握。
李成梁当然是极为有信心的，他认为现在和硕特部是主少国疑的时候，现在和硕特部之主图鲁拜琥不过是个小孩子，对于部落的控制有限，而且和硕特部恐怕也很很难短时间内向其余三部求援，所以现在是最好的机会，一旦蒙古人感受到大明的威胁之后，和硕特部可能会向其他三部求援，到时候为了这片水草丰美的住牧地，其余三部也不会袖手旁观的，到时候如果卫拉特四部之兵都聚集在乌鲁木齐地区的话，官军的作战难度更大。
而且李成梁和吴兑认为，夺取了乌鲁木齐并且在此处屯垦，才能够和哈密一道为西征大军提供粮秣，夺取乌鲁木齐才能够安顿朝廷迁移来的军户，并且在这里屯垦安定下来，乌鲁木齐的地位是极为重要的，整个西域的地形呈“三山夹两盆”，天山山脉横亘中央，将全区分为南北两部分。
而乌鲁木齐恰好位于天山中段北麓，地处准噶尔盆地南缘，是连接北疆草原与南疆绿洲的天然节点。从这里出发，向东可通哈密、河西走廊，向西能达伊犁河谷，向南经托克逊穿越天山可达库尔勒、喀什，向北则直抵阿勒泰。这种“居中四达”的区位，是朝廷控扼整个西域所需要的。
乌鲁木齐作为天山北麓的军事重镇，既能威慑蒙古诸部，又可驰援伊犁、塔城等边境要塞。其内稳外防的天然属性，是西域其他地方所不能比拟的，这点不仅仅朱载坖很清楚，李成梁、吴兑等人同样也是很清楚的，所以他们认为应该克服困难，直取乌鲁木齐，但是户部显然是不支持这样的事情的，户部不支持此事的理由也是很充分的，现在陕甘等地仓储空虚，轮输转运本来就极为困难，朝廷再增兵于西域，会使得本就极为紧张的补给更加困难的，所以王国光、杨俊民等人都不建议现在就动手。
朱载坖对于此事也很难下决断，要朱载坖搜刮陕甘之粮再增兵于西域，朱载坖也深感担忧，陕甘本就仓储空虚，虽然今年收成正常，但是由于要负担西征大军的粮饷，其实陕甘百姓的负担已经是很沉重了，如果再增兵西域的话，对于粮秣的供给要求就会更高，百姓恐怕更加难以承受，朱载坖作为皇帝，也必须考虑这一点。
而且让朱载坖难以下定决心的还有一个问题，吴兑和李成梁等人要求增兵两万，从陕西、甘肃、宁夏各镇再抽调两万精锐的话，对于陕甘的边防还是有一定影响的，朱载坖很清楚，如果再调动援兵的话，就不能够抽点陕甘等处的援兵了，朱载坖准备从宣大等镇在抽调援兵，但是为宣大援军准备相关的行粮等物资也不是一个简单的事情，同时还要一个重要的问题，现在已经是六月了，即便朱载坖现在就命令调发援军，到了西域也已经是深秋甚至是初冬。
而在西域作战，一定要避免的就是在严寒的冬季作战的，在风雪交加的西域冬季作战，是极为不智的选择，会严重影响官军的战斗力，这点不用李成梁说朱载坖就很清楚的，所以朱载坖对于增兵进剿一事是有些疑虑的，当然李成梁还提出了一个激进的方案，就是将朝廷部署在哈密的驻军调往庭州和交河，然后将哈