寰内，不以封建诸侯”，试图削弱曹操的封邑势力，维护汉室中央集权。
当时曹操已被封为魏公，势力日益膨胀，孔融的这一建议无疑是直接挑战他的权威。
曹操召集谋士商议，郭嘉说：
“孔融虽有才，却不识时务，若不加以遏制，恐动摇人心。”
曹操深以为然，开始暗中收集孔融的言行，寻找除掉他的机会。
孔融的种种言行，在曹操眼中已成为阻碍其霸业的绊脚石。
但孔融是士林领袖，
“海内英俊皆信服之”，
他的府邸每日都有士人拜访，探讨时政、交流学问，其影响力不容忽视。
曹操碍于其声望，一直隐忍未发，暗中却在等待时机。
当时的尚书令荀彧曾劝孔融：
“曹公权重，先生若与之相争，恐难自保，何不稍作退让？”
孔融答道：
“食君之禄，忠君之事，我身为汉臣，岂能屈从权臣？”
建安十三年（公元208年），曹操终于下定决心除掉孔融。
此时曹操已基本统一北方，权势稳固，而孔融仍在朝堂上直言不讳地批评曹操的政策，甚至公开反对曹操进位魏公。
曹操认为，若不除去孔融，必成后患。
他授意丞相军谋祭酒路粹诬告孔融，罪名有三：
一是“招合徒众，欲规不轨”，称孔融与祢衡等人结党，非议朝政，曾说“我大圣之后，而见灭于宋，有天下者，何必卯金刀”（“卯金刀”指“刘”，暗指汉朝将亡，孔融欲取而代之）；
二是“谤讪朝廷”，说孔融曾言“父之于子，当有何亲？论其本意，实为情欲发耳。子之于母，亦复奚为？譬如寄物缶中，出则离矣”，借此攻击孔融违背孝道；
三是“大逆不道”，指责孔融对孙权使者出言不逊，称“江东鼠辈，不足与谋”，有损朝廷威严。
这些罪名中，“不孝”一条尤为致命。
在以儒家伦理为根基的东汉社会，孝道是立身之本，更是治国之基，孔融被冠以“不孝”之名，瞬间从士林楷模沦为众矢之的。
路粹的奏疏公布后，朝野震动，许多曾敬仰孔融的人也因“不孝”罪名而对他产生质疑。
曹操顺势下令将孔融逮捕下狱。
孔融入狱后，依旧不改其风骨，面对狱卒的审问，他神色坦然，一一驳斥诬告之词。
他说：“我与祢衡相交，不过是谈诗论文，何来结党不轨？至于父子母子之言，不过是一时戏语，怎能断章取义，污蔑我不孝？”
但在曹操的操控下，这些辩解都无济于事。
不久后，曹操下令将孔融处死，时年五十六岁。
临刑前，孔融望着天空，长叹道：
“我不负汉室，只恨未能见中兴之日。”
他的妻子儿女也未能幸免，一同被诛杀。
此前，孔融的儿子九岁，女儿七岁，因年幼被寄养在亲戚家，得知父亲将被处死，儿女二人正在下棋，旁人劝他们逃走，男孩说：“覆巢之下，安有完卵？”
这句话后来成为千古名句，展现了孔家子女的聪慧与从容。
孔融之死，震动天下。
当时的名士脂习曾抚尸痛哭：
“文举舍我死，吾何用生为？”
脂习因此被曹操逮捕，险些丧命，后因众人求情才得以释放。
可见孔融的人格魅力之深，能让友人甘愿为其冒险。
他的悲剧，既是个人性格的必然——过于刚直，不懂得在乱世中变通，坚守“士可杀不可辱”的信念；
更是时代的缩影——建安年间，汉室衰微，群雄逐鹿，坚守道义的文人在强权面前，往往难逃被吞噬的命运。
正如史学家范晔在《后汉书》中所说：
“孔融高才倨傲，不能审时度势，终致祸败，悲夫！”
孔融不仅是政坛上的斗士，更是建安文学的重要代表。
他与王粲、刘桢、陈琳、阮瑀、徐干、应玚并称“建安七子”，在文学史上占有重要地位。
曹丕在《典论·论文》中评价：
“孔融体气高妙，有过人者，然不能持论，理不胜辞，至于杂以嘲戏。”
这一评价既肯定了他的文学才华，也指出