朱载坖是希望能够在蒙古人反应过来之前就率先就抢占乌鲁木齐地区，这点是非常重要的，因为现在蒙古人对于大明在西域的扩张虽然警惕，但是现在还没有反应过来，他们随着大明逐渐在西域扩张自己的地盘，蒙古人肯定是能够反应过来的，到时候卫拉特蒙古诸部都联合起来的话，对于大明在西域的进展肯定是不利的，这点朱载坖还是很清楚的。
但是现在西北的情况确实是不太乐观，虽然从去年开始大规模的旱灾就已经结束了，但是农业生产的回复不是那么快的，对于大明的西北来说，还需要数年的时间才能够将恢复过来，而现在朝廷向西域转运的粮秣大多是从河套发运的，同时之前在哈密屯田所得和朝廷囤积在哈密的粮秣的，朱载坖之前也询问过户部了，要向再增加粮秣的供应，难度确实是很大的。
向西域转运粮秣最大的问题就是时间太过于漫长了，这点朱载坖也是很清楚的，由于路途遥远，又是运送的粮秣这样的大宗货物，损耗是非常之大的，所以以现在朝廷的情况，大规模的转运粮秣的损耗是大明朝廷很难承受的起的，而且要想夺取乌鲁木齐，又要从其他各镇抽调兵力，最近的自然是西北各镇了，而从西北各镇调发援军，朝廷还需要为他们准备大量的行粮，这些物资的供应的对于西北当地也是一个不小的负担，这点朱载坖是很清楚的，所以内阁和户部坚决反对再向西域增兵，认为宁可先不动手，也不能过于消耗朝廷的国力。
总督仓场兼司农寺卿户部尚书杨俊民向朱载坖上疏，陈述了现在朝廷的仓储情况，虽然京通仓尚算充裕，但是地方的仓储并不算充裕，尤其是北方，河南、陕西、甘肃、山西等地的仓储都十分之少，对于朝廷来说是很危险的，现在在向西域派出援兵，会使得朝廷本就不充裕的仓储雪上加霜，所以杨俊民请求朱载坖暂停西域用兵。
同时安南的情况也并不乐观，之前由于刘綎在安南杀戮过重，同时无法和安南当地的官员搞好关系，朱载坖于是将其调离，调来了相对比较温和持重的吴惟忠到安南去任职，朱载坖原本认为以吴惟忠的老成持重，能够稳定安南的局势，但是实际情况显然并不受朱载坖的控制，安南阮氏故地的反抗还是比较激烈的，严重影响了朝廷对于安南的开发，同时甚至有波及到交趾的可能。
这是朱载坖所绝对不能容忍的，交趾现在已经是大明重要的粮食和糖业产地的，糖业公司在交趾、广西、台湾等地投入巨资，就是为了发展当地的糖业，掌握糖这一战略物资，同时糖的出口也成为了大明新的财富来源，糖在西洋、倭国等地颇受追捧，可以说是供不应求，交趾作为重要的甘蔗种植区域，对于大明来说是极为重要的。
在这种情况之下，朱载坖必须要予以干预了，朱载坖召集内阁辅臣、户部、兵部堂官和参赞军务大臣等，商量如何处理安南的事情，从吴惟忠的奏报来看，官军在安南所面对的袭扰和损失还是不小的，安南潮热，对于官军的火器等影响还是不小的，而且这些反抗大明的武装大多以小部队的形势袭扰大明在外屯垦的卫所官军，严重的影响了官军在安南的屯垦，虽然造成的损失目前来看尚且不大，但是朱载坖认为这些风气是极为不妙的。
如果不能够及时的将这些反抗行为镇压消弭在萌芽之中，一旦这些反抗势力做大，对于大明来说就有可能重演当年永乐南征的失败，这是朱载坖所不能容忍的，在场的重臣们也都明白朱载坖的意思，一旦到时候真的发生了这种事情，不光朱载坖的政治声望会受到极大的影响，他们这些当事的臣子也绝对不会有什么好名声的。
朝廷投入海量的钱粮，数以万计的将士血洒疆场，到头来竹篮打水一场空，这是大明无论如何也接受不了的，所以在场的重臣们也支持必须立即加以处置，关键是应该怎么处置，这些安南的反抗势力，战斗力其实并不强，要是真的和官军列阵而战的话，他们决计不是官军的对手，他们难办的就是他们倚仗着自己对于当地地形熟悉，以小股部队袭扰官军，他们不会也不敢对于官军的大部分或者城市发动攻击，但是他们袭扰官军的屯垦，杀害屯田的军士，不仅仅干扰官军的正常屯垦，破坏朝廷对于安南的控制，同时在经年累月之下，对于官军所造成的伤亡也是不小的，这点也是朱载坖所担心的。
对于这些问题，朱载坖是很清楚的，但是对于科道弹劾吴惟忠的奏疏，朱载坖全部予以留中不发，同时还要下旨对吴惟忠予以慰劳，朱载坖很清楚，现在官军在安南的面临的局面