但是朱载坖显然不是这么认为的，对于这些官员们上疏，朱载坖一向是十分警惕的，朱载坖也很清楚，他们不过是想借由清算张居正否定整个隆庆新政罢了，同时还要震慑住阁部重臣们，从嘉隆以来，世宗皇帝和朱载坖都加强了对于阁部重臣们控制，尤其是内阁，还是基本上能够按照皇帝的心意行事。
这就使得这些官员们对于这些重臣是极为不满的，他们认为整个官僚体系应该是和皇权相对抗的，而现在倒好，内阁和部院重臣们是公然站到皇帝这边，这对于整个官僚系统来说，无疑是背叛，所以他们要借由清算张居正实现两个目的，第一就是推倒朱载坖的隆庆新政，第二就是震慑这些部院重臣，使得他们回归官僚体系中来，不再和皇帝合作。
这两点都是朱载坖所不能允许的，隆庆新政是朱载坖一生的政治成果，不仅仅是李春芳、高拱、张居正等阁臣的政治成绩，更是朱载坖这个皇帝的政治成绩，推翻隆庆新政就是在否定朱载坖，这点是朱载坖所绝对不能容忍的，而他们对于阁部重臣的公然挑衅与威胁，这也是朱载坖所不能够容忍的。
这是会割裂整个大明朝廷的，为什么在嘉靖、隆庆两朝，宦官势力能够得到极大的抑制，即便是像黄锦、冯保这样深受信任，权柄极重的宦官，也不能够像之前一样，掌握行政权力了，就是因为皇帝掌握了内阁，那司礼监和宦官们地位就相对下降了，之前的皇帝们为什么要重用宦官。
因为宦官是皇帝用于制衡整个官僚集团的唯一手段，在之前的大明，整个官僚集团相对比较团结，即便是内阁，也是官僚集团的一份子，虽然平时为皇帝服务，但是一旦到了真正要命的时刻，内阁还是会站在官僚集团这边，所以皇帝们需要利用宦官、厂卫等机构来予以制衡。
而在世宗皇帝本人高超的政治斗争技巧之下，他已经成功规训了如张璁、夏言、严嵩等人为自己所用，在嘉靖朝的很长一段时间，内阁是为皇帝服务的，在这种情况之下，皇帝可以操纵内阁来摆布整个官僚集团，而宦官的地位就相对下降了，朱载坖当然知道宦官干政的后果，其实历代皇帝除了少数人之外，他们怎么会不知道宦官干政的后果呢？但是在没有内阁的帮助下，皇帝只能够依靠宦官和厂卫等特务机构来对整个官僚集团进行制衡，只有太祖、成祖、世宗等少数皇帝中的佼佼者，可以将内阁变为己用，不用依靠宦官来掌握权力。
而一旦内阁再度回到官僚集团手中，大明就不得不再次走上宦官和官僚互相攻讦的老路上去了，因为皇帝要想掌握权力，最稳妥的就是通过宦官们了，他们对于皇权是最驯服了，朱载坖当然不愿意再走上这条道路，一旦官僚集团和宦官集团相互对抗起来，整个大明的吏治就会迅速败坏，这点朱载坖是很清楚的，所以朱载坖一方面继续嘉靖时期严格控制宦官势力的政策，另一方面就是反击这些所谓的直臣，保护自己的政治成果不被颠覆。
朱翊釴的想法是相对比较消极的，他认为应当冷处理此事，也就是采取将这些奏疏留中不发的态度，这样一方面表明朝廷的态度，也就是对于此事是不认可的，另一方面就是将此事冷处理掉，朱载坖认为这样做并非没有道理，这也是一个处理的办法，但是对于朱载坖来说，这个方法显然是不太适用的。
对于朱载坖来说，他现在最缺少的就是时间，朱载坖也不知道自己现在还剩下多少时间，而比这些事情重要的事情还多了，朱载坖不可能长期和群臣们就此事无休止的玩上疏和留中不发的游戏，朱载坖必须采取快刀斩乱麻的方式，明白无误的展示自己的态度，终结有关此事的讨论。
而另一方面就是朱载坖认为不能放任这些臣子们继续这样上疏下去了，这样会在民间和舆论上对朝廷极为不利，朝廷一天不对此事作出明确的解释，他们的上疏就一日不会终止的，这点朱载坖是很清楚的，而这种上疏会形成一股风潮，对于朝廷来说是极为不利的，朱载坖也很清楚的，大明朝的这个官员们个个都是影帝，能够将最自私的目的用最高尚的说法说出来，朱载坖要是一直采取留中不发的态度，会给他们以皇帝对于他们是有所忌惮的错觉，所以朱载坖才采取了断然措施，严厉惩处这些上疏渎扰的官员，明确朱载坖作为皇帝的态度。
不仅如此，朱载坖还以严厉甚至是株连的刑罚，对于这些官员们予以震慑，他们想要通过清算阁部重臣来达到重新控制六部的目的，朱载坖偏不如他们的意，他们