要整顿军屯，其实是朱载坖早就想做的事情了，之前由于朝廷要用兵，同时其他事情的重要性是远远高于整顿军屯，而且整顿军屯是有极大的风险的，刘瑾当年不就是想整顿军屯，结果下场是什么就不必多说了吧。这些卫所军官们侵占屯田，隐占为业，祖孙相继，盘踞自如，这些确实是不争的事实，但是他们之前确实是大明官军中的基础力量，一旦动了他们，是会引起军中的不安的，之前刘瑾之败，就是由于刘瑾激起了这些卫所军官们的反抗，直接整出了安化王叛乱，最终导致了刘瑾的败亡。
所以至此之后，对于军屯的整顿在大明就成为了一个极为尴尬的事情，尽管朝廷上下都很清楚卫所军屯的弊病，但是大家都不敢轻易动手，即便朱载坖即位之后，大力整顿军队，所做的事情仍旧是进一步先限制这些卫所军官们兼并土地，保住现有的军屯数量，同时对于卫所军户予以优抚，提高卫所军户的待遇，遏制了军户逃亡的风潮。
朱载坖的这些措施应该说还是有很大的效果的，至少遏制住了军屯进一步减少的可能，同时也遏制住了军户逃亡的风潮，现在由于军户的待遇相对比较好，所承担的赋税也比较少，因为军户之承担田赋，免于缴纳徭役折色，在这点上卫所的军户反而比之普通百姓所承担的赋税要轻一些，而且家中要是有脱产服役的军士，还能够获取赋税的减免，通过这种办法，朱载坖提高了卫所军户的待遇和吸引力，将从大明建国以来就产生的大量卫所士卒逃亡这个问题予以解决了。
而现在朱载坖要解决的军屯的问题，朱载坖首先以河西、陇右、河套等地的卫所为这次军屯和卫所制度改革的地方，而卫所改革的第一步就是对于卫所军官们的改革，之前按照太祖成祖的想法，这些功臣子弟世袭军职，既是朝廷对于功臣的优待，也是保证军队可靠的一个重要手段，通过实施卫所军官世袭制度，使得大明官军能够稳定可靠，但是随着时间的推移，世袭军官把持卫所，私役军士，并且他们的数量越来越庞大，朝廷已经很难养得起他们的。
所以从世宗朝开始，朝廷就开始有意识的控制这些世袭军官的数量了，在张璁等人的主持之下，朝廷将世袭军官的任职变成了所谓的世选，由兵部组织对这些应当袭职的军官们予以考核，根据考核成绩，每次比试上等且名次靠前的新袭武官，由兵部直接选用为提调、把总等镇戍、京营将领，剩下的发回原卫所担任掌印、佥书等军政官；次等则发回原籍，由抚按任用为卫所杂差官或担任营兵基层军职。于是，袭替比试由过关考试，演变为甄别新袭武官的选拔考试。
同时对于无意继续从军的军官子弟，朝廷也允许他们放弃世职，改习他业，减少卫所世袭军官们的数量，嘉靖朝的时候，通过各种手段，在世职贴黄继续增多的同时，实际袭替的官员却因赴京袭替道远费多，官吏索贿刁难，武官子孙弃武就文，袭替资格受到限制等原因而逐渐减少，同时增加其他途径进入军中的军官。
朱载坖实施镇协官军制度之后，作为朝廷的常备军和野战的主力，镇协官军的军官虽然主要也是以世袭军官为主，但是毕竟是经过武学培训的，其次就是朱载坖即位以来经过多次用兵，大量的士卒因功被提拔之后选送入武学深造之后再担任低级军官，同时两京各初级武学也面向民间招考，通过这种形式丰富军官们的来源。
而在朱载坖进行一系列的改革之后，卫所官军在大明军队的中的地位逐步下降，朝廷通过这种形式将镇协官军作为朝廷的武力支柱，削弱卫所官军的重要性，在这种情况之下，各地的镇协官军和卫所官军互不统属，朝廷才好对卫所官军下手整顿。
朱载坖首先宣布禁止卫所军官私役军士，霸占屯田的行为，对于有这种行为的军官，军士可以向巡按御史、清军御史和卫尉寺官员反应，一经查实，予以严惩，对于这些私役军士的军官，要剥夺他们的世职，这点是毋庸置疑的，同时还要打散卫所的隶属关系。
原本卫所军官能够私役军士或者是霸占屯田，主要的原因就是他们是世代为官，很多时候，这些百户、千户等职务虽然在袭职的时候也需要兵部考选，但是兵部官吏在受贿之后往往发回本卫任职，使得他们之间形成盘根错节的关系，这样一来，尽管都司的军官和指挥使都是流官，但是从指挥使以下都是世官，他们往往通过互相联姻等方式形成了一个极为庞大的利益集团，把持卫所事务，朝廷所派遣的指挥使，很难真正管事，同时不少人还和他们沆瀣一气，这