那摆在朱载坖君臣面前的也就只有一个办法了，就是军屯，军屯当然也是朝廷在边疆地区屯垦的重要手段，之前朝廷也在河西等地进行了大量的屯垦，由于西北边塞的特殊性，卫所在这里的屯田是以屯堡的形式来实施的，所谓屯堡，是洪武年间就实施的一种办法。
由于西北地广人稀，所以当时的陕西行都司向太祖皇帝上疏：“甘州五卫军士分耕塞上，一伍之中，有远至二百里者，军不成伍，将吏不能朝夕督视，以致军士怠惰，所获不足自食。继今宜令一百户为一屯，以便耕种。”得到了太祖皇帝的准允。
而在成祖时，进一步完善了这种屯垦方式，由于大明在边地屯田经常会受到外敌的侵扰，所以为保护屯种、抵御外敌，成祖皇帝亲自下旨：“宁夏多屯所，虏卒至，恐各屯先受掠，可于四、五屯内择一屯有水草者，四围浚壕，广丈五尺，深如广之半。筑土城约高二丈，开八门，以便出入。旁近四、五屯辎重、粮草，皆集于此。无警，则各居本屯耕牧。有警，则驱牛羊从八门入土城固守，以待援兵。则寇无所掠，此特守屯一事，朕遥计如此，其攻取战守之策，在尔深筹之。”
为了保护官军在西北的屯田，成祖也是煞费苦心，多次向西北的大将们下达诏书，要他们切实保护官军的军屯，成祖认为：“一所之军四散屯种，相去辽远，岂能相及。朕尝命守将于五六屯或四五屯内择取一屯，利便之处聚守，正欲使屯堡相近得以相援，不必分别卫所，可只循此法行之。”
成祖为保护屯种，让在边地修筑屯堡是经过深思熟虑的，并且是从边地的实际情况出发，考虑其可行性与可操作性，而创造出的好方法，而在经过一段时间的实施之后，成祖调整了办法，最终的规定是：“计每小屯五七所，或四五所，择近便地筑一大堡，环以土城，高七八尺或一二丈.，城八门，周以壕堑，阔一丈或四五尺，深与阔等，聚各屯粮当于内，其小屯量存逐日所用粮食，有警即人畜尽入大堡，并力固守。”
在成祖的这些措施下，朝廷一直到弘治朝都还是沿用的这个办法，虽然已经有些松懈了，但是到弘治朝的时候，还是能够继续维持的，等到实物开中被废止了之后，西北的军屯就立即崩溃了，因为离京师比较近的宣府、蓟镇等镇，可以得到京通仓的接济，山西、大同等镇可以依靠山西，虽然山西也并不富裕，但是毕竟比之陕甘还是好一些的，而辽东镇则是有登莱的海运接济，那三边呢？有朝廷的鼓励。
由于实物开中断绝，各边镇尤其是陕西三边物价腾贵，军储不足，再加上从永乐以来的积弊，直接就导致了三边经济的直接破产，虽然在之前，三边等处的屯田已经是弊病丛生了，但是依靠开中物资，还是能够勉强维持的，从永乐之后，朝廷也多次下诏，要求整顿陕甘军屯。
如宪宗朝就下旨道：“尝谓屯田积粟乃经国之远图，寓兵于农，实为治之良法。洪惟圣朝设屯田抚养军士，号令严明，务求实效，是以特令各衙门不妨职委官独管其事，其管屯官员果能遵守法度，提督旗军，迩时布种则军无坐食之费，民免转输之劳，利益且多，军民两便。岂期各卫所管屯官员每每不思，朝廷立法之意，宴安骄惰视为泛常，或私役种自己田亩，或擅离屯所回家，并不用心提督，致田土荒芜，军士缺食，及到比较子粒，往往造册虚报，闻知差官盘查却乃逼令旗军备纳，坏法之弊，非止一端。”
弘治元年，兵部也陈奏：“三边等都司卫所近年以来军士逃亡.，队伍空缺，究其所由，皆因管军官旗不知存恤，百方虐害所致，及差官旗勾取多收财，脱去间有取至军士，又复侵扰，无以生存，遂复逃避。”
而随着开中物资的断绝，各边镇为了保证军事行动的军储，只能加重对于屯田军士的科敛，这些士卒们不堪其扰，只能够逃亡，到弘治十三年统计各边镇士卒，数据已经相当之好看了：“陕西行都司所属卫所原额旗军七万一千九百余人，今止存三万七千五百余人；甘肃各卫原额旗军共七万三千九百四十余人，今见在止四万一千六十余人，余皆逃亡。凡腹里清解到者，多随到随逃，其本处军丁亦惧倒死马或速负粮自为官司考较，逃躲不归。”
到嘉靖八年，兵部尚书王琼清查天下军籍的时候，连陕西三边的数字都不敢明说了，兵部的奏报是：“我之军额完存百无一补而兵不足，屯田满望，十有九荒而食不充一也。甘肃一镇孤悬河外，番虏盘旋三面受敌，墩墙壕堑须及时葺