对于商屯，朱载坖虽然也不排斥，但是朱载坖显然并不认为商屯是一个能够很好解决事情的方案，所谓商屯其实是和开中法一道实施的一种政策，由于大明在很长一段时间实施的是实物开中，也就是商人要将朝廷所指定的粮秣等物资运输到朝廷所指定的边境仓库，才能够获取盐引。
而对于西北来说，转运粮秣是一件极为痛苦的事情，之前三边总制余子俊就和朝廷算了一个账：“运输于河套米豆值银九十四万两，草六十万两，每人运米豆六斗，草四束应用四百七万人，约费行资八百二十五万两。”
也就是说，运费的价格已经是运到的货物价值的数倍了，这种生意，是没有商人会去做的，所以在这种情况之下，为了节约成本，在九边就出现了所谓的商屯，盐商为节省运输成本，遂招募农民在边境开荒垦种，这样的话，可以极大的节约成本，同时在边疆屯田，也可以缓解当地的粮食短缺问题，确实是一个很重要的办法，在开中法盛行的时候，盐商在山西、贵州等地形成屯田体系，通过招募民众垦荒解决卫所军粮短缺，促进边疆土地开发与汉族移民迁入，确实是极大的缓解了边镇的粮食问题。
对于商屯，朝廷的要求是自出财力、自垦边地、自种豆粟、自筑墩台、自立堡伍，这对于商贾来说投资是不小的，而且商屯对于朝廷政策的依赖实在是太大了，之前朝廷实施实物开中法，盐商们为了减少成本，获取更多的利益，故而在边境屯垦，但是弘治年间的叶淇将实物开中变为了折银开中之后，商屯就遭到了毁灭性的打击。
所以现在很多的大臣希望能够重新恢复商屯，因为实物开中已经被朱载坖所恢复了，在这种情况下，从隆庆初年开始，在辽东、大宁等地的商屯有所发展，但是在西北的商屯已经遭到毁灭性的打击，根本无法再恢复了。
户部左侍郎赵世卿就上疏朱载坖称：“祖宗旧制有上下两利，不得不议复，公私俱病，不得不议更，则召商开中以裕边，酌议清勾以实伍是也。按永乐每盐一引，输边粟二斗五升。商人争出财力，募民垦荒。天顺中斗粟值银二分，边储大裕。成化中尚书叶淇议改折色，商徙农散，乐土变为荒芜。后虽有仍征米、豆、自林之令，然不过十中之一耳。商人宁厚值以易粟，无宁垦田以多费，弊所从来久矣。今诚沛下明旨，渐复输粟之规，不十年而旧制可举矣。往土著之民，见种粟之可以永为利也，又争募民以种粟。且商人自置墩台，自联保伍，突有虏犯，人自为战，此不惟有益于盐法，而且有利于屯政;不惟可以助耕，而且可以御虏，计无便于此者。”
御史翁正春也上疏朱载坖：“屯田乃足食足兵之要道，而通商中盐则又所以维持屯田于不坏者也。洪永间纯任此法，所以边困富强不烦转运而蠲租之诏无岁无之，后来屯田盐法渐非其旧而边响不足，军民俱困矣。”
他们认为重新恢复商屯就可以解决河西等处的军储缺乏问题，朱载坖并不是这样看的，首先商屯和朝廷的盐政关系甚大，要是盐法通畅，同时食盐还能够维持较高的价格，朝廷又厉行实物开中的话，商屯确实是一个值得采纳的办法，但是一旦朝廷的政策有所变动，或者是盐法不太通畅，食盐的利润不够高的话，对于商屯来说都会是毁灭性的打击的。
朱载坖为此事和内阁以及户部、司农寺的重臣们还有都察院的堂官们都商量了很久，庞尚鹏等人也都认为商屯现在想要恢复的可能性是不大的，对于朝廷来说，现在盐政改革的方向是打击私盐，降低食盐价格，这和商屯的方向是相反的，商屯要想能够获利，就是依靠的食盐的暴利，而高盐价并不是现在朝廷的要点，甚至朱载坖也是多次颁布上谕，要求降低食盐价格，使得百姓能够吃上平价食盐，而要想保证商屯的发展，盐商必须在食盐的销售中获取暴利，才有动力在边镇招募百姓，屯垦耕种。
同时兵部也对于此事产生了质疑，因为在之前的商屯中，有允许这些商人们自立墩台的条款，兵部现在不认同这种办法，这些商贾以招募百姓屯垦为名，聚敛百姓，设立墩台，其中是否有亡命之徒，还有卫所的逃亡军士等，这些都是可能存在的隐患，而且是在朝廷的边镇，对于朝廷来说确实是隐患，所以兵部和户部都认为不应该采取商屯的形式的。
朱载坖也认为部议合适，不过除去商屯之外，那也就只有民屯和军屯，民屯也就是迁移百姓到这些地方去耕种，这也是大明通行的办法，按照大明祖制：“移民