当然，朱载坖对于比较恭顺的土默特部，也是一向厚待，不过该防范的，朱载坖也从来没有放松，虽然大明和土默特部已经达成了封贡，土默特部也一向恭顺，但是在边防的问题上，朱载坖一向是料敌从宽的，虽然朱载坖减少了九边的总员额，将九边的总员额从六十八万降低到了四十二万，但是九边各镇的实际兵员和战斗力确实有了提升，官军留下的都是精锐，同时九边各镇的官军也增加骑兵的比例，目的就是为了提升官军的机动力，在减少员额的情况下保证大明边疆的稳固。
同时加强内外边的建设，在朱载坖的支持下，兵部在之前所拟定的九边防御支撑点上大兴土木，修筑永备工事和规模庞大的防御设施，这些地方都是大明国防的要点，是千万不能有闪失的，所以这些防御支撑点的规模是极大的，不仅要坚固，而且要能够囤积重兵和相应的粮秣、弹药等物资，能够长期坚守，同时作为官军北伐的攻击出发阵地，同时掩护官军的二线部队，为官军的二线部队争取时间。
同时对于大明原本的边墙，也要重新予以翻修，以保障内边的安全，继续巩固大明的北部边疆，而这次朝廷征讨瓦剌，收复西域，土默特部也算是出了大力的，顺义王和三娘子不仅将当年跟随俺答汗征讨瓦剌的老兵挑选了一些送到大明军中，同时还表示愿意出兵一万骑，协助官军征讨瓦剌，这些蒙古骑兵的适应能力还是很强的，所以朱载坖也同意的顺义王的请求，赏赐顺义王绢帛、药材、茶叶等物品。
现在一应庶务都是太子在处理，朱载坖关心的就是西北的战事和调停西洋三国的事情，李成梁已经在准备动手了，现在瓦剌各部的实力也有所增强，所以鹿死谁手还尚未可知，其实瓦剌也很清楚大明对于他们的看法，所以今年以来他们也加大了对于哈密的袭扰，希望可以通过破坏大明屯田的方式来延迟朝廷收复西域的步伐。不过都被李成梁等打了回去。
现在各部援军也已经出发，准备驰援哈密卫，接下来的战事就看李成梁如何指挥了。而朱载坖现在不用负责庶务之后，空闲时间增加了之后，除了教导皇长孙之外，更加重要的就是和朱载堉等人商量学术机构的问题了，自从朱载坖提出这个想法之后，朱载堉也是极为重视的，他也意识到这件事情的重要性，现在大明的工匠很多时候是属于知其然而不知其所以然的状况，重术轻道是不可取的，这点朱载堉也是很清楚的。
所以他和陈大位等人也在一直商量此事，自古以来，对于这些事情都是一些有兴趣的人自发研究的，他们有的会写成书籍传之后世，有的则是跟随着这些人的消亡就不复存在的，而现在朱载坖准备以朝廷的形式召集这些人，来从事研究，自然是一件好事，但是怎么研究，研究哪些方向，这些事情都是需要仔细思量的，这点朱载堉也一直在和朱载坖两人商量。
朱载坖认为，既然有实用性，也要有前瞻性，所谓实用性，自然是对于大明有用，比如所算学、几何等实用的学问，还有就是各种度量衡的确定，就现在来说，毕竟紧急的事情就是蒸汽机的气压测定和单位的确定，这些都是立马有用的东西，还有化学的各种东西，煤焦油的使用等也都是下一部研究的重点。
而所谓的前瞻性，就是一些看似没有那么有用，甚至是有些虚无缥缈的东西，比如之前朱载坖就和朱载堉等人做了一个实验，从西苑的一座高塔塔顶抛出了质量不一的两个球，结果这两个球同时落地。这一实验证明了物体的下落速度与物体的质量无关，但是其中的原因是什么呢？这些东西肯定是相当之枯燥的，看起来也短时间内对朝廷没有什么用处，但是作为基础科学，他确实很重要的，还有就是算学的发展，化学的各种研究，也许都是很枯燥的，需要朝廷长期的支持，也许不能够产生收益，但是确实一切技术发展的根源，这是很重要的。
所以在朱载坖和朱载堉等人多次商量之后，对文思院相对应的，朱载坖设立了大明格物院，顾名思义，就是格物致知的地方，和文思院主要是工程和机械研究不同，格物院更加偏向于理论研究，也就是所谓的道的研究，为了充实格物院的力量，朱载坖将钦天监也划归格物院管理，同时原来的文思院化学研究所也划归格物院管理，同时在格物院下面设立算学、物理、地理等相关的研究所，天下之人，只要有相关特长的，都可以到京师参加测试，由郑王世子朱载堉和陈大位考察，通过之后一律给七品冠带和俸禄，由朝廷资助他们的研究，朱载坖并不干涉他们的研究科目，不过朱载坖也会给格物院指明一些研究的方向