提督律例馆吴时来编撰相应的法条，严厉惩治抗税和偷税漏税。
朱载坖还以上谕的形式发布命令，对于抗税，只要持有兵器，以谋反论处，煽动罢市、民变的，以谋反加重惩处，聚众抗税的，也以谋反和谋逆论处，对于这些直接抗税的，要采取毫不留情的打击，同时鉴于两广和闽浙的情况，朱载坖命令将原本应该到南京参加京操的广东、广西、福建、浙江都司和福建行都司免去京操，士卒留镇当地，同时调中都留守司和南直隶卫所士卒增援上述五个都司，加强上述地区的防务。
同时朱载坖还特旨临时授予闽浙总督和两广总督银令箭，准允两位总督调动驻防在辖区的镇协官军镇压有可能的反叛，授予上述四省巡抚王命旗牌，准允四省巡抚在本省辖区内调动相应的卫所官军镇压可能出现的反叛。
随后朱载坖再度下达上谕，敕令刑部和总理学政衙门，对于各地的生员士子诽谤朝廷，妄议朝政的，一律予以取消功名，送法司严惩，对于生员犯罪的，加一等惩处。