bsp;南宋朝廷授蒲寿庚福建安抚使兼沿海都置制使，合称福建安抚沿海都置制使，安抚一路之兵事民政，执掌福建兵事民政要职。统领海防，权力很大。结果蒲寿庚尽屠城内之宋宗室，守泉州三月。这对于大明来说是极为惨痛的教训，大明官员们一直以来的看法就是非我族类，其心必异。
而且回教有政教合流的趋势，在前元，这些回教徒干涉朝政，左右政局，使得大明君臣对于回教的态度并不是很好，而现在在西域，回教盛行，朝廷肯定是谨慎对待的，朱载坖认为，首先就是要斩断回教和政治的联系，任何宗教，都绝对不允许干涉政治，与朝廷分庭抗礼，要晓谕李成梁等将领，对于那些敢于对抗朝廷的所谓回教头目，要予以严厉诛杀，绝其种类，决不能给朝廷带来隐患。
同时军中决不允许回教传播，支持佛、道在西域的传播，尤其是佛教，虽然现在西域信仰佛教人已经不多了，但是佛教毕竟是在西域盛行过的，还是有一定基础的。