但是现在卫所军屯被侵占的现象是非常之普遍的，这点朱载坖和重臣们是很清楚的，尤其是腹地卫所，军屯土地十不存一，这些地方能够开垦的土地已经都被开垦的差不多了，朝廷根本无法为这些军户们在当地给予足够的土地，这点朱载坖和户部都很清楚。
户部提出了一个方案，第一就是在南京附近的卫所，将无地的军户调往中都留守司开垦土地，分给军屯，同时发给证明，这些土地属于朝廷军屯，但是军户可以世代耕种，与民田一同起科，这样可以解决部分卫所士卒的生计问题。
第二就是朝廷的各种官营工场也需要工人，也以优先从卫所军余子弟中招募，朱载坖也明确规定，朝廷各官营工场的工人工食银要经过朝廷的核定，要能够养活一家人，同时对于技术精湛的工人，按照技术水平，可以增加工食银。
第三就是大规模的移民实边，将这些卫所无地军户和军余子弟调到朝廷新收复的各都司去，利用他们屯垦戍边，稳固朝廷在当地的统治，通过这种方式，尽可能的减少地方州县的负担，同时保证卫所士卒的军饷。
对于户部所提出来的三点，朱载坖命令下阁部商议。