多人都认为申时行很难有什么作为，恐怕在内阁只能成为小透明，毫无发言权。
申时行也在内心激烈的斗争，张居正的强势，他是见识过了的，甚至可以说是深有体会，张居正做事雷厉风行，对于抵触、反抗新政的，都绝不留情，而且久居首辅之位，在六部有一大票小弟，现在除了刑部尚书洪朝选和都察院的两位都御史之外，恐怕是没人敢和张居正公然唱反调的，申时行如果出头的话，很多人都认为下场不会很好。
但是申时行很清楚，要是自己在内阁毫无用处的话，对于朱载坖来说，那就是废物了，一个没有用处的阁臣，迟早都会失去信任，最后的下场是肯定的。
所以申时行为此纠结不已，无所作为，朱载坖绝不会答应，和张居正对抗，恐怕下场不妙，眼前的局势，对于申时行来说，似乎是死路了，但是申时行在枯坐半夜之后，提笔开始撰写奏疏，第二天上直之后，申时行以东阁大学士的名义向朱载坖地上了奏疏-请速选阁臣出镇南都疏。