其次就是内设部门的设置，这点上各督抚衙门都是大同小异的，督抚衙门的办事机构一般设有吏、户、礼、兵、刑、工六房，分房办事。这样，上可与朝廷的六部相对，下可通过布政使、按察使等机构统辖指挥各府、州、县的各项事务。
吏房负责统辖所属官吏的考课及候选官员等事项；户房统管每年赋税、丁差、杂课等项；礼房经管春秋二季祭祀、考试、学校、庆贺等项事务；兵房经管门房、民壮、驿递、夫马等事；刑房统管人命、盗逃、词讼、保甲等重大司法工作；工房管修造和置办各种军需等。各房均雇佣胥吏若干名，负责办理日常各项事务。
还有督抚的中军副将一员，负责统帅抚标营和督标营，文武巡捕各一人。文巡捕负责充当高级文职官员谒见总督的礼宾员；武巡捕负责充当高级武官谒见总督的礼宾员，并负责维护衙署内部之正常秩序。设监印委员一人，专管典守钤盖总督关防。设收呈委员一人，负责收受所属文武官员及民人百姓的呈词。
这些基本上就是督抚衙门的架构了，朱载坖认为，要予以正规化，就是用朝廷的官吏来替代这些所谓的幕宾、胥吏、书办等，使得督抚衙门成为一个正常的大明衙门。