是由于是本地水文情况复杂，运军又由于朝廷的改革命令而心神不宁，从而导致漕船倾覆，损失漕粮达二十余万石，但是劳堪也在奏疏中坦陈，此案个中缘由，尚且晦暗不明，不能排除有人蓄意破坏。
朱载坖将这些奏疏放下之后说道：“不急，先看看再说，朕倒是要看看，他们想玩些什么花样来。”
很快漕船倾覆，漕粮大量损失的消息就传遍了整个朝廷，科道御史们纷纷上疏，弹劾总督漕运劳堪和巡视漕运张学颜，甚至将获烧到了首辅张居正身上来了，很多人认为，之前漕运虽然有所损耗，但是从未发生如此大的损失，这都是由于张居正轻易变更祖制所导致的，现在运军人心惶惶，漕粮大量损失，对于朝廷的财政影响极大，必须要立刻做出反应，严惩涉事官吏，保证朝廷的漕粮和秋粮如数解运。
而原漕运总督，现总督河道工部尚书潘季驯则是上疏分析了此事，他就认为此案定有蹊跷，他多年总督漕运，在运河上漕船倾覆，损失漕粮确实是非常常见的事情，但是多者不过万余石，像这样一次就损失漕粮二十余万石的事情，还从未发生过，何况运河经过潘季驯的治理之后，已经没有之前那么危险了，还发生这样的事情，是不能理解的。