继续上疏，认为海关乃是太仓财源，应当由户部直接管理，不必另设衙门，他们显然是会错了朱载坖的意思，朱载坖之所以没有在之前的诏书中将提督海关衙门列入，并非是因为朱载坖想将海关交给户部直接管理，而是因为朱载坖认为海关衙门实在是太过重要，朱载坖一时半会还没有想好应该怎么处理。
朱载坖也很清楚，提督海关衙门仅仅是一个临时机构，海关肯定是要设立一个朝廷正式机构加以管理的，但是怎么设立，职权范围多大，这些事情朱载坖还没有完全想好，海关并入户部是绝不可行的。
朱载坖召集内阁和六部重臣，商量有关海关的问题，海关的重要性自然是不言而喻的，现在海关关税已经是大明重要的财政来源，太仓赖以开支，所以户部认为，直接由户部管理海关是最为合适的。
兵部尚书汪道昆则认为，海关缉私，有大量业务都和兵部有关，户部能管，兵部也可以管啊，要知道现在提督海关大臣还兼着兵部左侍郎呢，所以汪道昆认为兵部也可以管海关，户部尚书刘体乾自然是不干的。
而朱载坖的想法则是设立专司予以管理，而且是和六部衙门平级的二品衙门。