再次启程，返回京师，来的时候朱载坖没有注意运河，在回程的路上，朱载坖开始仔细观察这条大明的大动脉。
同时漕运总兵卢镗亲自带兵护卫朱载坖，并且一路上向朱载坖讲解运河的状况。漕粮运输的漕船有一万两千艘，船只使用年龄为5-10年，每年需要补充2000艘新船。在临清、南京和清江浦设有造船厂，每年仅是修造漕船的开支就是一笔不菲的费用。
过了徐州以北，运河水量相对充沛，不需要牵引，若是遇到天气大旱的时候，各地的官府要征发大量的民夫，用以拖曳漕船，为了这每年四百万的漕粮，大明可谓是费尽了心力。
所以朱载坖在船上对诸位重臣说道：“漕粮解运之后，务必要妥善保存，不允许有盗卖漕粮的事情发生，这些都是民脂民膏啊！不仅是东南百姓的民脂民膏，也是运河两岸百姓的民脂民膏！”
为了解运这四百一十九万漕粮和白粮，朝廷要向东南各州县征收本色八百二十万石，方能解运京师四百一十九万石，这些漕粮对于大明来说，是极为金贵的，所以朱载坖责成马森，一定要看好京通仓。
在历经五个月的南巡之后，朱载坖终于回到了京师，留守京师的内阁首辅李春芳奉监国太子朱翊釴之命，亲自到通州恭迎圣驾，朱载坖下船之后首先发布命令，护驾官军人给银一两、布一匹，已做赏赐。
李春芳等人请朱载坖立即回宫，因为很多事情还需要处理，但是朱载坖选择把陈贵妃送回宫内之后就在通州休整一夜，同时召练兵总理大臣戚继光赴通州陛见。