据胡宗宪的查访，西夷在澳门擅设海关，私征关税，使得大明税收流失，尤其是佛郎机人还享有任何外国人不享有的特权，如一艘2000料级的佛郎机船经第一次丈量后，缴付1800两白银作为泊税，以后每次前来，只需缴纳此数的三分之一，而一般同样吨位的其他国家船只，无论是第一次或以后各次抵港都需付5400两白银。
听到这个数字，连高拱等人都大为咋舌，一条船就五千两银子，十条船就是五万两银子，大明要是这么收税的话，那得收多少银子啊？
朱载坖这才说道：“诸位，现在知道了吧，这海上贸易本就是暴利之事，所以必须要科以重税，以资国用。”
朱载坖命令俞大猷会同广东地方官府，立即率兵将澳门的一切军事设施予以捣毁，不准佛郎机人在澳门设立任何行政、司法机构，更不能允许他们在此收税，简直是奇哉怪也，西夷在大明的国土上设立海关，征收关税，把朱载坖当什么了？
同时朱载坖还命令将佛郎机人在澳门征税的规定加以翻译，用于大明海关的征税。
朱载坖对于这种事情极为警惕，在处理了澳门的事情之后，朱载坖专门下达圣谕，重申大明领土尺寸不可以让人，不管是什么租借也罢，暂借也罢，一概不能允许，凡是再有此类事情发生，所属地方的州县官员就是弃城失地论处，严惩不贷！