院收归官办，从速办理。
张居正一直不见这些士子们，在无锡的严绍庭也就将华府围起来，和无锡县的士子们对峙，但是双方的矛盾是在不断地积累当中的。
终于，隆庆元年十二月二十一日，大寒，从京师来的急递送来了朱载坖的上谕，要求张居正将浙直等处书院收归官办，由学政加以管理，同时不准生员议论国事，这下无论是在督师行辕外想找张居正要个说法的士子们还是他们背后的士绅们都暴怒了。
没想到张居正和他们玩阴的，明里拖延时间，背地里却通过密疏向朱载坖请旨，给了东南士绅们后心一刀，将书院收归官办，严禁士子议论国事，这两条就是为东南的士绅们和士子们量身打造，就是为了收拾他们，张居正现在上谕在手，才不怕有人敢闹事呢。
随即张居正下令督师标营参将吴惟忠率兵进城，与南京守备恭顺侯吴继爵一道维持秩序，严防士子们作乱。吴继爵立刻指挥南京京营的官军加强文庙、督师行辕、孝陵的防护，孝陵卫也枕戈待旦，严防滋扰。
这些士子们一见张居正居然算到他们前面去了，将他们原本打算去的地方都提前派兵把守，不由得更加愤怒，大批士子们集中起来，准备冲击督师行辕，让张居正滚出东南。
张居正这个时候也不装了，既然你们要找死，也怪不得张某人心狠手辣了，张居正请出天子剑，令督师标营参将吴惟忠率兵将闹事的士子全部抓捕，送南京锦衣卫严审。