经过这次增加之后，即便是最底层的书吏，每月俸银加上工食银时二两，再加上月粮本色一石五斗，足够一家人过上相对富足的生活了。
同时运军的待遇也要增加，在朱载坖的直接干预下，运军运输漕粮的两月，除了月粮和行粮之外，额外发给二两饷银，但是同时也要求运军不得在路上拖延，必须尽快将漕粮运输到京通仓缴纳，同时在缴纳漕粮的时候，都察院派出御史临场监督，有弄虚作假和欺压运军的，御史当即处置。
同时朱载坖还要求河漕总督朱衡保证漕渠畅通，严禁随意改兑，朱载坖严斥户部：漕运粮米，岁有常数，系祖宗成法。即遇灾伤，自有蠲省常便。近来内外官奏免，任意纷更。该部一概题复，不闻执奏，坐损国储，是何道理？嗣后概不许改折漕粮，四百万本色，务必实贮，以为军国之用也！
朱载坖即位以来掀起的第一件大案，仓场弊案，就算是到此落下帷幕，朱载坖随后开始自己即位以来心心念念的一件事情，就是南兵北调，尤其是戚继光部的北调，现在东南的倭寇稍微有所收敛，朱载坖决定将戚继光及所部戚家军调至蓟镇来，用以拱卫京师。
朱载坖向内阁透露了这个想法，但是遭到了徐阶等人的反对，兵部尚书江东也不支持调南兵北上。