谢灵运的《晋书》虽然没有写成，但是裴松之的《三国志注》却在他费时三年之后终于完成。元嘉六年七月二十五日，裴松之携带着《三国志注》及前一天写就的《上三国志注表》，晋见太极殿。
刘义隆在延请年近六旬的老臣入座后，就先看他的《上三国志注表》。
表疏上说，陈寿的《三国志》是不可多得的嘉史，但是不足在于疏略，记事时有脱漏。臣奉旨作注，上搜旧闻，旁采遗事：凡是陈寿所不载，事件却应该存录的，就无不尽取以补其缺；若同说一事却前后矛盾，如今又不能判断的，就一并抄录以备异闻；至于纰缪显然，言不合理的，就随后加以矫正；记事当否及陈寿之小失，臣都按愚意加以论辩。
刘义隆看罢上表，就随手拿起一卷。陈寿的《三国志》，刘义隆是熟记于心的，他要看看裴松之是如何随后加以矫正并加以论辩的。他翻看到《吴书》中记孙权之子孙奋被后主孙皓诛杀一节。
裴松之注引《江表传》：民间传言孙奋将做天子，孙皓因此疑忌他，将他禁锢在吴城，孙奋的儿女年至三十四十尚不得嫁娶。裴松之随即矫正道：
“臣松之按：建衡二年至孙奋之死、孙皓即位，时间相隔不久。若孙奋未被疑之前，儿女年约二十，至孙奋死时，不得年三十、四十；若先已长大，自身失时未能婚娶，则不由皓之禁锢。此虽想增孙皓之恶，然不合情理。”
刘义隆又拿起《蜀书》注。陈寿在《后主传》的“评”中，称赞诸葛亮在后主即位至驾崩十二年间未改“建兴”年号，又称赞诸葛亮屡屡征战却不随便下赦令，而诸葛亮死后这种制度就渐渐改变了。
裴松之先引《华阳国志》的记载：有人责怪诸葛亮吝惜赦令，诸葛亮回答说：治世凭大德，不凭小惠，因此前汉匡衡、后汉吴汉不愿下赦，先帝也说在和陈元方、郑康成交往时，常见启告，尽知治乱之道，但始终不谈赦免一事；而刘表、刘璋父子，年年下赦令，然而对于治理又有何益！裴松之论辩道：
“‘赦不妄下’，的确可以称道。至于建兴年号十二年沿用，所言未当。案，后汉光武帝建武年号沿用三十二年，献帝建安年号沿用二十五年，都是久而未改，未闻前史以此为美谈，十二年未改又何足称道！莫非别有他意，今人不能得知？亮死后，延熙年号沿用二十余年，陈寿说此制渐改，事实并非如此。”
刘义隆看得兴趣盎然，甚至不觉得有垂手而立的侍臣们。
他翻看着，他想看看有关诸葛亮的裴注，诸葛亮是他感兴趣的人物。在陈寿的《三国志》写到诸葛亮劝刘备即帝位后，裴松之注引《蜀记》记载：晋初扶风王司马骏镇守关中时，和他的部将谈论诸葛亮。其时部将大多讥讽诸葛亮托身非所，劳困蜀民，力小谋大，不能度德量力。只有金城人郭冲认为诸葛亮英明过人，甚至过前世贤相管仲、晏婴，只是功业未成而已。诸将听后颇感疑惑，郭冲就列举了诸葛亮隐没不闻于世的五件事，诸将这才不再疑惑，扶风王也认为郭冲所言为是。裴松之认为郭冲《条诸葛亮五事》，都很可疑，于是对五事分别加以诘难。
其中第一件事，说诸葛亮严刑峻法，导致上下怀怨，法正就谏他应该有所弛缓。诸葛亮辩称，只有如此，才能上下有节，治国之道，尽在于此。裴松之诘难：
“法正在先主前死，今称法正谏，则先主仍然在世。诸葛亮身为股肱之臣，事归元，刑政赏罚，不出于己。郭冲所述诸葛亮之辩称，则政出于己，这有违人臣自处之宜。以亮一贯谦顺作风，势必不然。”
第二件事是：曹操派刺客假意投奔刘备，刺客在和刘备谈论伐魏的形势时，很合刘备的心意，于是刘备渐渐亲近他。刺客正准备下手，诸葛亮进来了。刺客神色慌张，引起诸葛亮的注意，诸葛亮觉得他异于常人。一会儿刺客如厕，刘备对诸葛亮说：“刚刚得一奇士，此人足以辅君治国。”诸葛亮问奇士何在，刘备说就是刚离席之人。诸葛亮叹道：“窃观此客，色动神惧，奸形外露，邪心内藏，必是曹氏刺客！”于是立即派人去追，那人已经越墙而去。裴松之诘难：
“凡为刺客，都是暴虎凭河、死而无悔之徒。刘主既有知人之鉴，却受此客迷惑，则此客必为一时之奇士；既说此客‘足以辅君治国’，则应属诸葛一类人。凡为诸葛一类人，少有为他人充当刺客的，其主也知爱惜其才，必不投之于死地。况且此人不死，也应显达于曹魏。竟是何人，后来为何湮没而无闻？”
第三件事记空城计：诸葛亮驻扎在阳平时，派魏延诸军联合东下，只留万人守城。晋宣帝司马懿率二十万大军迎击，但与魏延错道而直向阳平城。相距六十里时，侦探禀告宣帝，说亮在城中兵少力弱。诸葛亮也知道宣帝将至，情况危急，但前赴魏延，相去又远，回迹反追，势不相及，于是将士失色，不知计从何出。诸葛亮却神情自若，命令军中偃旗息鼓，不得擅自走出营寨；又令大开四面城门，洒尘扫地。宣帝一向认为诸葛亮为人稳重，现在看见四门大开，怀疑城内有伏兵，于是撤军回到山