bsp; 下设六部尚书，分掌吏、户、礼、兵、刑、工各任。六部尚书及副手侍郎等职的出任臣工，均由李善道亲自选定，或为旧臣，或为新臣，俱一时之选，无不才干出众之士。
各部既定，政务井然，朝野上下，气象一新。
又设门下省，以于志宁为长吏纳言，掌审议封驳，确保政令通达无阻。又设内史省，掌机要诏令，与尚书省一样，暂也未设长吏，任薛收为内史侍郎，王宣德等为内史舍人等。
三省六部以外，又设主掌监察百官、弹劾违法的御史台，与负责审理重大案件的最高司法审判机构大理寺等机构；又设分掌祭祀、膳食、仪仗、王室事务、车马、外交、农业、财政等具体事务的太常寺、光禄寺、卫尉寺、宗正寺、太仆寺、大理寺、鸿胪寺、司农寺、太府寺的等机构，——这九个机构合称“九寺”，长吏称卿，副手称少卿；又设负责教育的国子监、手工业制造的少府监、工程建设的将作监、兵器制造的军器监、水利和航运的都水监等机构，——合称“五监”，长吏称监，副手称少监；又设管理仓储的太仓监等等。
也是分别从老臣与新臣中，选择了合适的可用之才，任为这些机构的官吏。
李善道起事已经两年多了，直到现下，这才算是从形式上正经地构建起了新朝行政的骨架。
军制改革方面，李善道采纳屈突通等人的方案，裁汰冗兵，强化精锐，并亦依隋制，完善确立了卫府军的制度，设立了十六卫府，分掌宫禁宿卫及征伐之事。
每卫府设大将军一人，副将两人。
以刘黑闼为左卫大将军，以屈突通为右卫大将军，王须达、李靖、黄君汉、高曦、高延霸、宋金刚等等诸将，分别出任其它各卫府的大将军之职。各卫府副将亦由李善道精心挑选，也是糅合了老臣、新臣。并及各卫府的长史等任，亦均由李善道亲自选任。
十六卫的这个府兵制度，说来承袭的是隋之旧制。
但与隋的十六卫，李善道目前的这个十六卫，事实上还是有些与之不同。
隋的十六卫的基础，是建立在遍布帝国各郡县的诸多折冲府之上。李善道当前只有河北、河东的一半地域，在其治下，他没有足够的郡县地方上的折冲府，来做他这十六卫的兵源基础，并且河北、河东等地原有的折冲府也多已遭到了破坏，故其十六卫府的设立，更多依托的是其现有的兵力，而非传统的郡县折冲府体系。——某种程度来说，他的这个十六卫，其实更接近后世的“野战军”制度，每一个卫府，暂定员一万两千人，近类於后世的一个野战师。
每个卫府，皆是步骑混杂，以步卒为主。
得益於汲县之战缴获的堆积如山的兵械，还有大量因归路断绝而投降的关中骁果，李善道麾下，不仅步卒的力量得到了增强，骑兵的力量也得到了很大的扩充。
十六卫之外，专门又组建了两支骑兵部队，分名“骁骑”、“突骑”，各辖骑兵五千。主将，也称大将军，品秩与十六卫的主将相同。两骑军的主将，任给了萧裕、独孤神秀。
屈突通、李靖等提交的军制完善、改革方案，大体分为两个部分。
野战军是一个部分；地方守备是一个部分。
地方守备这块儿上，同样采用隋制，他们建议，由郡兵、县兵单独的列成一个系统，由郡都尉、县尉统领，专门负责维持地方治安，清剿盗匪等任。地方守备体系独立运作的话，能有效分担十六卫的治安压力，可使卫府军专注对外征伐。李善道很赞成他们的此议，也采纳了。
屈突通、李靖又建议，为保证稳定的兵源补给，可先将河北的府兵旧制恢复，——河东等地，可以等到更加稳定之后再说，於诸郡旧有之折冲府的根基上，重建军府，重召府兵，授予土地，农时耕种，闲时操练，战时听调。又此外，河北毕竟只是一州，如果全靠义务兵，兵源还是比较有限，故建议同时推行募兵制，广募壮勇义士从军，以作府兵的补充。