，看到当时盐政混乱，额外徵收盐税的情况严重，便大力整顿，禁止无序徵收，多年来的积弊得到了有效治理。然而，他的仕途並非一帆风顺。他曾因违背权贵意图而多次被贬官。
有一次，他弹劾南京户部尚书赵世卿，没想到奏疏先被赵世卿看到，反遭诬陷，最终被贬为南京行人司副。后来虽有起用，但又因反对税使等事再次被罢官。直到崇禎元年，他起任南京户部尚书兼掌吏部事。大明的权贵们暗恨他断绝了大家的財路，但偏偏他清正廉洁，权贵们抓不住他的把柄，只能把他打发到一个养老的位置上，让他不要再阻碍大家发財。
按理来说像郑三俊这样的清官是看不上侯恂这样的屠夫的，最开始凤阳府传来屠杀农户事件之时，前面因为抄了和江南有联繫的盐商的家，现在又屠杀农户，江南的文人对他口诛笔伐，郑三俊更是上书朝廷，诉说侯恂的罪行，想要朝廷罢免他。
但等大同社大规模吊死士绅之后，江南士绅对侯恂的评价来了个180度转弯，他的风评开始变好，江南的文人都夸他勇於任事。
在不关乎自己利益的时候，江南士绅还能站在道德的制高点上对侯恂指指点点，以获得道德的满足感。
但现在农户真打碎他们建立的秩序，他们马上就转变態度，认为侯恂屠杀这些反贼做的好。
郑三俊虽然是清官，但却是封建体制下的清官，他阻止士绅勛贵侵占朝廷和百姓的利益，最终的目的却是维持封建秩序的稳定。当双方的矛盾已经不可避免的激化之后，他马上就站在士绅这边。
侯恂坚定地说：“再艰难我们也要守住，守不住长江，大明的天下就完了，天下的士绅也会被徐晨这个贼子屠杀殆尽。
想要守住长江，一是要有足够多的兵力，这一点江南各地都在积极组建乡勇，我不担心兵力不够，只要时间充裕，这些乡勇的战斗力可以追上大同军。
二就是要组建水师，当年的东吴，南宋就是靠著强大的水师抵抗北方上百年。想要组建水师，
要有水手，要有战船，福州游击將军郑芝龙经验丰富，我已经调他来南京打造水师战船，这方面只能拜託用章兄你了。”
郑三俊苦笑著说：“我虽然是户部尚书，但只是南京的户部尚书，这个职位就是用来养老的，
我什么事情都管不了，想要帮若谷你筹集钱粮，实在是力有不逮啊。”
侯恂说道：“今时不同往日，现在我们已经和朝廷断绝了联繫，以大同军进攻的步伐，要不了多久，京师就会沦陷，南京朝廷要成为江南的主心骨。至於钱粮，这好办，让江南各大族捐献。”
而后他指著江北的方向说：“现在不把钱粮用在招兵买马、打造战舰上，难道还等著大同军打过江南来抄家，把我们的钱財分给那些泥腿子不成要是真有这么不识时务的人，用章兄你告诉我，我亲自去教训他一番。”
郑三俊听了侯恂这番话，觉得他有点陌生，甚至有些跋扈。但想到江北发生的事情，那些士绅大族的悲惨下场，他又不得不承认，现在江南正需要侯恂这样有决断的人。如果再这样拖拉下去，
整个江南都要被大同社攻占了，大明的江山也就完了，他们將会成为千古罪人。於是，他咬了咬牙，说道：“若谷兄放心，我会尽力而为的。”