白夜小智他们早就已经通过潜水艇的隐藏部位顺利的来到了潜水艇外面，并且通过神奇宝贝把机器里面的大部分几乎是全部的人员全部都打晕。
“这……这不可能！”看到自己的电击兽居然被三只皮卡丘给打倒，南波博士但是一脸不可思议的样子，明明自己的电击兽的力量就全部释放出来了，都还不能够压制三只弱不禁风的皮卡丘吗？
“接下来就是监狱之旅了，还请博士你要好好接受哦。”说完白夜一个手刀就把博士给打晕了。
接下来的事情就十分的轻松了，把君莎小姐喊过来之前先把基地给炸了，这种邪恶组织基地还是别让它存在了。
告别了决定在漩涡列岛进行巡游的阿弘和修一他们之后，小智白夜他们坐上露佳的船开始了返程浅葱市的旅程，并且他们也在神奇宝贝中心的电话中通过可夏得知阿蜜小姐已经回到了道馆，在做了一位年轻时就凭借着优秀的飞行控制能力的年老老人的飞机之后，他们终于回到了浅葱市。